Kingdom Hearts Re:coded finner sted etter Kingdom Hearts II og fokuser på en melding Jiminy Cricket har skrevet i sin journal. Deretter bærer det ut på re-representasjoner av verdenene fra det første Kingdom Hearts basert på journalen til Jiminy Cricket.

Gameplaymessig vil spillet ha Deck Command-systemet fra Kingdom Hearts Birth by Sleep, boss-kamper i 2D sett fra siden og vanlige Command-kamper som i de tidligere Kingdom Hearts-spillene. Det vil også være en ny hemmelig scene som skal hinte litt om hva vi kan forvente oss av Kingdom Hearts 3D til Nintendo 3DS.